اولین آسیب قابل تشخیص در بیماری هانتینگتون در نورون‌های خاردار متوسط در استریاتوم (جسم مخطط) اتفاق می‌افتد. این امر باعث از بین رفتن مسیر گابایرژیک به قسمت خارجی گلوبوس پالیوس شده و مهار را برمی‌دارد. بنابراین منجر به ایجاد خصوصیات هایپرکینتیک بیماری می‌گردد. یک علامت اولیه، لرزش دست در مسیر حرکت خود برای رسیدن به یک نقطه خصوصاً در انتهای مسیر می‌باشد. سپس حرکات کره‌ای شکل هایپرکینتیک ظاهر شده و به تدریج تا زمان ناتوان ساختن بیمار افزایش می‌یابند. تکلم مبهم و سپس غیرقابل فهم شده و معمولاً در عرض ۱۰ تا ۱۵ سال پس از شروع نشانه‌ها فراموشی پیشرونده ایجاد شده و به دنبال آن مرگ اتفاق می‌افتد.
بیماری هانتینگتون در سرتاسر جهان ۵ نفر از هر ۱۰۰ هزار نفر را مبتلا می‌سازد. این بیماری یک بیماری ارثی آتوزومی غالب است و معمولاً زمان شروع آن در بین سنین ۳۰ تا ۵۰ سالگی می‌باشد. ژن غیرطبیعی مسئول این بیماری در نزدیکی انتهای بازوی کوتاه کروموزوم ۴ واقع است. این ژن به طور طبیعی حاوی ۱۱ تا ۳۴ تعداد تکرار سیتوزین-آدینین-گوانین (CAG) می‌باشد که اسید آمینه گلوتامین را کد می‌کند. در بیماران مبتلا به هانتینگتون این تعداد به ۴۲ تا ۸۶ نسخه یا بیشتر افزایش می‌یابد و هر چقدر تعداد تکرارها بیشتر باشد بیماری در سنین پایین‌تر شروع شده و پیشرفت آن سریع‌تر می‌باشد. این ژن پروتئین هانتینگتین را کد می‌کند که عملکرد آن ناشناخته است. تجمعاتی از پروتئین‌های با حلالیت ضعیف که سمی هستند در هسته‌های سلولی و نواحی دیگر تشکیل می‌گردد. با وجود این، ارتباط بین این تجمعات و نشانه‌ها با یکدیگر متناسب نیست. به نظر می‌رسد که کاهشی در عملکرد پروتئین هانتینگتین اتفاق می‌افتد که متناسب با اندازه تکرارهای CAG می‌باشد. تا به حال درمان موثری در دسترس نیست و این بیماری در نهایت کشنده است. با وجود این کورسوهای ضعیفی از امید به درمان این بیماری وجود دارد. در مدل‌های حیوانی این بیماری، پیوند بافت استریاتوم (جسم مخطط) جنینی در داخل استریاتوم، عملکرد شناختی را بهبود می‌بخشد. در موش‌هایی که ژن مربوط به این آنزیم تنظیم کننده آپاپتوز حذف شده باشد، پیشرفت بیماری آهسته می‌گردد.
اختلال دیگر عقده‌های قاعده‌ای بیماری ویلسون یا تحلیل رفتن کبدی-عدسی شکلی است که یک اختلال نادر مربوط به متابولیسم مس بوده و در سنین بین ۶ تا ۲۵ سالگی شروع شده و زنان را چهار برابر بیشتر از مردان مبتلا می‌سازد. بیماری ویلسون حدود ۳۰ هزار نفر را در سرتاسر جهان مبتلا می‌کند. این بیماری یک اختلال ژنتیکی آتوزومی مغلوب بوده و در اثر موتاسیون در بازوی بلند کروموزوم ۱۳ ایجاد می‌شود. بیماری ویلسون ژن ATPase ناقل مس (ATP7B) در کبد را درگیر کرده و منجر به تجمع مس در کبد و به دنبال آن آسیب پیشرونده کبدی می‌گردد. حدود یک درصد از مردم، ناقل یک نسخه غیرطبیعی از این ژن هستند اما هیچ گونه نشانه‌ای از بیماری ندارند. کودکی که ژن غیرطبیعی را از هر دو والدین خود به ارث ببرد ممکن است به بیماری مبتلا شود. در افراد مبتلا، مس در اطراف قرنیه در چشم تجمع یافته و منجر به ایجاد حلقه‌های زرد رنگ خاصی به نام حلقه‌های کایسر-فلیشر می‌گردد. پاتولوژی نورونی اصلی این بیماری شامل تحلیل رفتن پوتامن که قسمتی از هسته عدسی شکل است می‌باشد. اختلالات حرکتی شامل لرزش به شکل بال زدن یا آستریکسی، دیس‌آرتری راه رفتن ناپایدار و سختی می‌باشد. بیماری ویلسون با کاهش دادن میزان مس در بدن درمان می‌شود.
بیماری دیگری که عموماً به عنوان بیماری عقده‌های قاعده‌ای تلقی می‌شود دیسکینزی تاخیری است. این بیماری که عقده‌های قاعده‌ای را درگیر می‌سازد در واقع در نتیجه درمان دارویی اختلالات دیگر با داروهای نورولپتیک از قبیل فنوتیازیدها یا هالوپریدول ایجاد می‌شود. بنابراین دیسکنزی تاخیری منشا پزشکی دارد. استفاده طولانی مدت از این داروها می‌تواند اختلالات بیوشیمیایی در استریاتوم ایجاد کند. اختلالات حرکتی شامل حرکات غیرارادی کنترل نشده موقتی یا دائمی صورت و زبان و سختی چرخ دنده‌ای می‌باشد. داروهای نورولپتیک از طریق مهار انتقال دوپامینرژیکی عمل می‌کنند. استفاده طولانی مدت از این داروها منجر به افزایش بیش از حد حساسیت رسپتورهای D3 دوپامینی و از بین رفتن توازن در تاثیر مسیر ماده سیاه- جسم مخطط (نیگرواستریاتال) بر کنترل حرکتی می‌شود.
